Trente ans après le commencement des premiers travaux, le conflit entre la France et l’Espagne, place la citadelle de Calais au cœur du conflit. Le 24 avril 1596, alors que le fort Risban et le fort Nieulay sont déjà tombés, les habitants de Calais, y trouvent refuge afin de fuir les troupes de l'archiduc Albert d'Autriche, gouverneur de la Flandre, à la tête de l'armée des Pays-Bas. Mais la muraille creuse, car remplie de sable, tombe sous le feu des canons. Le bastion nord-est, assailli par l’ennemi, tombe à son tour malgré la résistance acharnée conduite par Michel Patras de Campaigno, surnommé le chevalier Noir. Nous sommes le 25 avril 1596, et Calais quitte de nouveau le giron du royaume de France, et cela pour la dernière fois.
L’histoire rend compte d’un vrai massacre et pillage en règle de la ville par les Espagnols qui recherchent l’or et l’argent des Calaisiens. La ville restera espagnole, jusqu’en mai 1598, date de signature du Traité de Vervins, rendant Calais à la Couronne de France.
