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Le porche est la seule façade libre de l'édifice. Le bâtiment est en partie intérieure du XVIe siècle. Le clocher fut reconstruit en 1842.
Les origines de l'église paroissiale sont encore méconnues. Selon l'historique de certains érudits, l'édifice actuel serait la troisième église, reconstruite en partie vers 1608, à une trentaine de mètres de la seconde, détruite sous Edouard III. Elle recouvrait les tombeaux des comtés de Boulogne, notamment celui d'Eustache II, mari de Sainte Ide et père de Godeffroy de Bouillon, illustre conquérant des croisades.
La première église était celle de l'Abbaye. Elle fut détruite lors des invasions normandes.
L’Église de Saint-Martin de Samer reste quant à elle l'une des plus importantes églises construites au Moyen Age dans le Boulonnais.
